Cada una de las lagunas es de un color diferente, debido a la presencia de microorganismos que hacen que cambie el color del agua a la vista del ojo humano, aunque si cojemos el agua con la mano, en todas ellas es completamente transparente. Otro de los factores que hace que el agua cambie de color es la incidencia de la luz, el momento del día, la estación del año o el calor. El agua se mantiene limpia gracias a estos microorganismos que hacen un efecto 'depuradora'. Así, la laguna Gitana es azul (aunque por la contaminación y el baño se ha vuelto verde en los últimos años), la del Tejo es Azul oscuro y el lagunillo Tejo es negro. Las del grupo inferior, la Parra es azul, la Cardenillas es azul celeste, el lagunillo Tortugas negro y la Llana de color verde, debido a la gran presencia de algas. La formación es similar a la de las Torcas de los Palancares, pero gracias al aporte del acuífero subterráneo, con aguas del río Guadazaón, tienen agua.